Τα εσπεριδοειδή, ανάλογα με το είδος και την ποικιλία, μπορούν να συγκομίζονται καθόλη τη διάρκεια του χρόνου. Στην Ελλάδα, η μεγαλύτερη ποσότητα εσπεριδοειδών που διατίθενται στην αγορά είναι κυρίως τους χειμερινούς μήνες (Νοέμβριο-Μάρτιο). Αρκετή ποσότητα υπάρχει επίσης και την άνοιξη προερχόμενη από όψιμες ποικιλίες, όπως άλλωστε συμβαίνει και το καλοκαίρι. Η συγκομιδή συνεπώς είναι μια διαδικασία διαρκής και επομένως απαιτεί ιδιαίτερη προσοχή και ενασχόληση από όλους τους εμπλεκόμενους.

Οι απαιτήσεις που πρέπει να τηρούνται κατά την συγκομιδή προκύπτουν από το γεγονός ότι τα εσπεριδοειδή προορίζονται για ανθρώπινη κατανάλωση η οποία μπορεί να γίνει σε αρκετά μεταγενέστερο χρόνο. Επίσης, αν συνυπολογίσουμε ότι θα καταναλωθούν νωπά γίνεται άμεσα αντιληπτό ότι δεν πρέπει να έχουν υποστεί μολύνσεις, αλλοιώσεις ή μεγάλες καταπονήσεις. Για να αποφευχθούν όλα τα παραπάνω, είναι απαραίτητο η συγκομιδή να γίνει με μεγάλη φροντίδα και τα προϊόντα να μεταφερθούν στις εγκαταστάσεις συσκευασίας χωρίς να υποβαθμιστεί η αξία τους. Επιπλέον θα πρέπει να λάβουμε υπόψη και τις καιρικές συνθήκες που θα επικρατούν κατά τη διάρκεια της συγκομιδής. Έτσι, αν οι συνθήκες είναι δυσμενείς ή αν έχουν προηγηθεί μερικές μέρες πριν τη συγκομιδή, είναι πολύ πιθανό οι συνέπειες να φανούν στα προϊόντα τόσο άμεσα, όσο όμως και μακροπρόθεσμα με αποτέλεσμα να μειωθεί η εμπορική τους αξία όταν βρίσκονται προς πώληση. 

Ένας άλλος παράγοντας που πρέπει να ληφθεί υπόψη είναι ο οικονομικός. Πιο συγκεκριμένα, οι τιμές και η ανταγωνιστικότητα στις αγορές ενδέχεται να επηρεάσουν ή να καθυστερήσουν τους παραγωγούς να συγκομίσουν με ό,τι αυτό συνεπάγεται για την ωρίμανση των προϊόντων, ειδικά αν σκεφτούμε ότι η χώρα μας έχει αρκετά μικρότερη παραγωγή συγκριτικά με άλλες χώρες, οι οποίες συνήθως προηγούνται χρονικά για να διαθέσουν τα προϊόντα έγκαιρα στις αγορές. Ένα ακόμη σημαντικό γεγονός που είναι ιδιαίτερα επίκαιρο είναι το θέμα με το προσωπικό που θα συγκομίσει. Η έλλειψη εργατών γης έχει οδηγήσει σε μείωση του ρυθμού συγκομιδής, άρα σε αύξηση του χρόνου συγκομιδής προκαλώντας μεγάλες καθυστερήσεις και καθιστώντας τα προϊόντα εκτεθειμένα στις καιρικές συνθήκες και τους βιολογικούς εχθρούς (έντομα, μύκητες, κ.λπ.). Εδώ αξίζει να αναφερθεί ότι τα εσπεριδοειδή ως φυτά καταγόμενα από τροπικές και υποτροπικές περιοχές είναι ευάλωτα στις ακραίες θερμοκρασίες του χειμώνα και του καλοκαιριού που συχνά επικρατούν στην Ελλάδα και ως εκ τούτου καθυστέρηση στη συγκομιδή σημαίνει ζημίωση του προϊόντος.

Συνοψίζοντας, οι προκλήσεις και τα εμπόδια που παρουσιάζονται είναι ως επί το πλείστον διαχρονικά φαινόμενα και άπτονται τόσο της φυσιολογίας των φυτών όσο και των ευρύτερων κοινωνικό-οικονομικών παραγόντων. Είναι αλήθεια ότι τα εσπεριδοειδή είναι προϊόντα υψηλής διατροφικής αξίας, απαραίτητα για τη διατροφή του ανθρώπου και συνεπώς θα πρέπει να έχουν την ανάλογη μεταχείριση. Η τεχνολογία βέβαια προσφέρει πολύτιμα εργαλεία αντιμετώπισης πολλών από τα παραπάνω προβλήματα, αλλά αυτό που έχει τη μεγαλύτερη σπουδαιότητα είναι η υπευθυνότητα με την οποία τα μεταχειρίζεται ο άνθρωπος.