Τα ζιζάνια σε πολλές καλλιέργειες μπορεί να αποτελέσει το σημαντικότερο πρόβλημα διαχείρισης. Με βάση το σχέδιο Ολοκληρωμένης Διαχείρισης Ζιζανίων είναι επιτακτική ανάγκη μείωσης της χρήσης των ζιζανιοκτόνων, γεγονός που φέρνει πιό κοντά την ανάπτυξη της καλλιέργειας με βιολογικό τρόπο. Παρακάτω παρατίθενται μερικοί από τους τρόπους διαχείρισης. 

Διαχείριση νερού άρδευσης

Είναι σημαντικό να γίνεται πότισμα πριν τη σπορά της καλλιέργειας για να φυτρώσουν τα ζιζάνια από νωρίς για να πραγματοποιηθεί στη συνέχεια επιφανειακό σκάλισμα για να γίνει αμέσως μετά η σπορά. Ενώ έχει εγκατασταθεί η καλλιέργεια, είναι πολύ σημαντικό να γίνεται χρήση του αρδευτικού νερού τόσο όσο είναι αναγκαίο. Στην περίπτωση που είναι λιγότερο από όσο χρειάζονται τα φυτά τότε υπάρχει έντονος ανταγωνισμός του καλλιεργούμενου είδους και του ζιζανίου, ενώ στην περίπτωση που είναι σε αφθονία τότε τα ζιζάνια αρχίζουν να αναπτύσσονται ανεξέλεγκτα. 

Μείωση των σπόρων ζιζανίων στο έδαφος

Πρέπει να γίνεται καταπολέμηση ζιζανίων πριν σποριάσουν, δηλαδή όπως όλα τα φυτά όταν φτάνουν στο σημείο της άνθισης τότε έχουν ως στόχο να ολοκληρώσουν τον κύκλο ζωής τους άρα ο παραγωγός για να μπορέσει να ελέγξει τον αριθμό αυτών των ζιζανίων, πριν τα φυτά αφήσουν τους σπόρους τους μπαίνουμε με ένα χορτοκοπτικό ή γενικά με ένα μηχάνημα κατάλληλο για ζιζάνια ώστε να μην προλάβουν να ρίξουν τους σπόρους στο έδαφος. Είναι σημαντικό να γίνεται καταπολέμηση ακόμη και των ελάχιστων ζιζανίων που δεν προκαλούν καμία μείωση στις αποδόσεις αφού ένα ζιζανίου μπορεί να δώσει εκατοντάδες έως και χιλιάδες σπόρους που μεταφράζεται σε κόστος και χρόνο για τον παραγωγό.

Φλόγιστρα

Δεν είναι αρκετά διαδεδομένη μέθοδος ωστόσο χρησιμοποιείται από κάποιους παραγωγούς και αφορά κυρίως πολυετείς καλλιέργειες. Μπορεί να γίνει με γραμμική εφαρμογή του με χρήση προπανίου. Η εφαρμογή του γίνεται στο στάδιο των ζιζανίων των 2-3 φύλλα. Ωστόσο, δεν εμφανίζει καλή αντιμετώπιση των αγρωστωδών. Δεν προτείνεται η εφαρμογή του μετά από βροχή και άνεμο ώστε να μην κινδυνεύσουν οι γύρω καλλιέργειες.

Απολύμανση του εδάφους

Η μέθοδος αυτή χρησιμοποιείται αρκετά συχνά από τους παραγωγούς κυρίως από όσους έχουν θερμοκήπια και χρησιμοποιείται με το πέρας της παραγωγής. Γίνεται συνήθως στα μέσα Ιούλιο με Αύγουστο όπου έχει ολοκληρωθεί η οποιαδήποτε παραγωγή. Συγκεκριμένα γίνεται: i) Χρήση Ατμού (απαιτεί πολλά καύσιμα άρα και μεγάλο κόστος), ii) Ηλιοαπολύμανση με πλαστικά (ετοιμάζει ο παραγωγός τον αγρό, θερμοκήπιο κλπ καθαρίζοντάς το, αφαιρεί υπολείμματα καλλιέργειας ή τα ενσωματώνει-ποτίζει έως την υδατοχωρητικότητα – καλύπτει με πλαστικό και το αφήνει για πάνω από 4 εβδομάδες), iii) Χρήση όζοντος (έκχυση στο έδαφος), αλλά δεν έχει ακόμη ευρεία εφαρμογή.

Επιστρώματα

Χρησιμοποιούνται ως καλυπτικά με στόχο να αδυνατούν τα ζιζάνια. Όπως αναφέρθηκε μπορεί να γίνει ηλιοαπολύμανση. Υπάρχουν όμως και ειδικά επιστρώματα που είναι μαύρα και εμποδίζουν τη διείσδυση του φωτός με αποτέλεσμα να αδυνατούν τα ζιζάνια να φωτοσυνθέσουν, ενώ στην περίπτωση της υδροαπολύμανσης προστίθεται το νερό, στραγγίζει το έδαφος και δημιουργούμε ασφυκτικές συνθήκες και πολύ υψηλή θερμοκρασία στα πρώτα 15-20cm του εδάφους  με αποτέλεσμα να θανατώνονται παθογόνα έως έναν μεγάλο βαθμό. Ταυτόχρονα καταστρέφονται και οι σπόροι των  ζιζανίων που υπάρχουν εκεί. Όμως, λόγω του φωτός αν είναι διάφανο το πλαστικό μπορεί  σε κάποια σημεία που δεν κλείστηκε καλα να παρατηρείται από το πλαστικό να φυτρώνουν τα ζιζάνια από κάτω γι’αυτό και συνήθως χρησιμοποιούμε σκούρο πλαστικό ώστε να αδυνατούν περισσότερο τα ζιζάνια να φωτοσυνθέσουν. Υπάρχουν και οργανικά φυτικά ή άλλα υπολείμματα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν όπως το πριονίδι αλλά με λιγότερο εύρος γιατί τα επιστρώματα που καλύπτουμε βοηθούν και στα παθογόνα του εδάφους.

Ωφέλιμοι οργανισμοί

Ωφέλιμοι οργανισμοί όπως χήνες, ζώα βόσκησης, έντομα και ασθένειες βοηθούν υπό προϋποθέσεις τον περιορισμό εμφάνισης των ζιζανίων. Οι χήνες είναι ιδιαίτερα αποτελεσματικές αλλά όχι για τα κηπευτικά, το σόργο και το καλαμπόκι. Τα ζώα βόσκησης χρησιμοποιούνται κυρίως στην αντιμετώπιση των ζιζανίων σε πολυετείς καλλιέργειες. 

Εγκεκριμένα φυσικά ζιζανιοκτόνα

Χρησιμοποιούνται είτε για προστασία της καλλιέργειας είτε για καταπολέμηση των ήδη εμφανισμένων ζιζανίων. Ουσίες που χρησιμοποιούνται είναι το ξύδι, το κιτρικό οξύ, διαλύματα ΝαΝΟ3, γλουτένη αραβοσίτου κ.ά.. Η εφαρμογή τους είναι πάντα προσπαρτική ή προφυτρωτική.

Υγιεινή καλλιέργειας

Είναι άκρως σημαντικό να στοχεύεται η παρεμπόδιση εμφάνισης νέων ειδών ζιζανίων. Αυτό μπορεί να αποφευχθεί με τον καθαρισμός μηχανημάτων. Άλλος παράγοντας που συντελεί στην εμφάνιση νέων ειδών είναι η παρουσία ρεμάτων κοντά στον αγρό. Ο παραγωγός, όμως, θα πρέπει να ξέρει ότι θα πρέπει να κάνει χρήση καθαρού σπόρου απαλλαγμένου ζιζανίων. Τέλος, προτείνεται να γίνεται έλεγχος της κοπριάς και του κομπόστ ώστε να μην μεταφέρονται σπόροι μέσω αυτών.

Αμειψισπορά

Προτείνεται η χρήση πρώιμων και όψιμων ποικιλιών αλλά και ειδών. Για παράδειγμα μπορεί να γίνεται εναλλαγή σιτηρών, πλατύφυλλων και ψυχανθών. Επίσης μπορεί να γίνεται χρήση ανταγωνιστικών καλλιεργειών (π.χ. μηδική, κριθάρι), ή χρήση πολυετών καλλιεργειών με δυνατότητα βόσκησης. Άλλης μέθοδος είναι η εναλλαγή χειμερινής με ανοιξιάτικη καλλιέργειας. Τέλος, μπορεί να γίνει χρήση καλλιεργειών κάλυψης, όπως χλωρές λιπάνσεις, τριφύλλι, σίκαλη, λειμώνια φυτά κ.ά.. 

Μηχανική καταπολέμηση

Γίνεται προσπαρτική κατεργασία που ουσιαστικά πρόκειται για δευτερεύουσα κατεργασία. Μετά τη συγκομιδή γίνεται επιφανειακή κατεργασία για να μην μπορέσουν να ωριμάσουν τα ζιζάνια. Η καλοκαιρινή κατεργασία γίνεται όταν το χωράφι βρίσκεται σε αγρανάπαυση για τα είδη ζιζανίων που υπάρχουν το καλοκαίρι ώστε να μην ωριμάσουν. Καλά αποτελέσματα δίνει και η προφυτρωτική κατεργασία με σβάρνες και η μεταφυτρωτική με ελαφρούς καλλιεργητές. 

Συγκαλλιέργεια

Η συγκαλλιέργεια αυξάνει τον ανταγωνισμό, μειώνει την αλληλοπαθητική δράση, μειώνει το διαθέσιμο νερό και τα διαθέσιμα θρεπτικά στοιχεία για τα ζιζάνια. Για παράδειγμα η βρώμη αναπτύσσεται ταχύτατα και στη συνέχεια το μπιζέλι αναρριχάται στη βρώμη και μειώνει τη διείσδυση του εδάφους επιφέροντας έτσι μεγάλη και σημαντική μείωση στα πλατύφυλλα ζιζάνια.